El tiburón ballena es objeto de pesca comercial y artesanal. Esto lo ha puesto en la lista de especies en peligro de extinción. Aunque la población mundial se desconoce, la reducción en los avistamientos los ha puesto en una situación vulnerable.
Los tiburones ballena están protegidos por la ley en algunos países, pero son cazados con regularidad como fuente de alimento en otros, tales como Taiwán y Filipinas.
Unos 100 tiburones de esta especie son matados cada año sólo en Taiwán, lo que eleva preocupaciones en torno al futuro de este pez que crece lentamente y alcanza la madurez tardíamente en su vida.
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